Tra il III e IV sec. in alcuni locali sottostanti l’attuale Chiesa, Eusebio, presbitero romano, aprì un oratorio che fu ampliato nei secoli successivi. Restaurato da papa Zaccaria prima e ricostruito poi da papa Adriano I, fu completamente restaurata da Gregorio IX nel 1238 come è testimoniato dalla targa marmorea che si trova nel portico. Nel 1471 la Chiesa fu affidata da Sisto IV ai monaci celestini, ai quali fu concesso anche l’uso del palazzo costruito accanto e che fino allora era stato sede del cardinale titolare. I celestini restaurarono la chiesa almeno tre volte facendo perdere le ultime tracce della vecchia chiesa medioevale, Gregorio XIII istituì particolari indulgenze per coloro che visitassero la chiesa nel giorno del santo Eusebio e pregassero per la concordia dei principi cristiani, per l’estirpazione delle eresie e per la tranquillità della Chiesa, come è testimoniato da un’altra targa marmorea nel portico. Il restauro più recente risale al 1771 per volontà del cardinale Enrico Enriquez che gli diede l’aspetto attuale. Soppresso l’ordine dei celestini, la chiesa venne affidata ai Gesuiti, che aprirono una casa per gli esercizi spirituali. I Gesuiti vi rimasero fino al 1883, quando il monastero divenne proprietà del Governo Italiano. Nel 1889 divenne parrocchia e fu affidata al clero secolare.